台北靈糧堂自1996年轉型成分區牧養小組教會時，將大安西區劃定為中區牧養責任範圍，雖然地理範圍較其他牧養區域小，但卻是母堂周邊弟兄姊妹居住最密集的區域，時任區牧長為周學仁牧師，全職牧養同工約為八位。

強本南進

1998年，當教會領受向台灣全省拓植宣教的「強本南進」策略時，各牧區也展開了認領全台各縣市的外展宣教步伐，中區當時認領了台灣北部的基隆及南部的嘉義、台南，為外展植堂的責任區域；並以「贏得中區，北進基隆，南進嘉南」為牧區異象。

基隆拓植

1999年中區部份居住基隆的帶職領袖們，從行軍禱告、小組聚會開始了基隆開拓的腳步，迄2000年7月正式設立基隆靈糧堂，並由周學仁牧師擔任主任牧師，而中區區牧長也轉由時任牧養處處長的周莊碧明牧師兼任。此時，帶職區牧紛紛被成全起來承接牧養服事。另外，在「強本南進」的拓植宣教上，基隆靈糧堂後於2005年又陸續開拓了瑞芳靈糧堂、平溪靈糧堂及雙溪靈糧堂。

台南拓植

隨著全台拓植宣教的呼聲，在陳志輝牧師夫婦回應呼召下，2001年2月中區又開拓了南進據點台南永康靈糧堂。之後，中區弟兄姊妹們也不斷差派隊伍前往支援短宣、行軍禱告及福音佈道，點燃許多弟兄姊妹宣教的火。感謝主的恩典，永康靈糧堂後於台南地區陸續開拓了善化靈糧堂、新營靈糧堂及六甲靈糧堂。

合一前進

2005年中區區牧長由趙齊實牧師接任，直到2008年因趙牧師轉往開拓永和靈糧福音中心，中區區牧長轉由胡毅牧師接任。在新的團隊融合及全教會向一線傳福音的策略方向下，原中區全職牧養團隊作了適當的調整，迄今在東西中區合一的牧養團隊內，中區的全職傳道同工共四位，帶職區牧同工則有四對夫婦。