巴拿巴宣教學院於2007年開始籌備，有兩個主要的目的：1.訓練並挑旺有心志在跨文化宣教上的弟兄姊妹；2.與眾教會合作，鼓勵教會差派並支持在教會中，有呼召在跨文化宣教上的弟兄姊妹。

巴拿巴宣教學院是在這樣的信念下應運而生，並且這樣的信念也在基督徒中發生極大的轉變。當我們使用「宣教士」一詞，曾帶出兩個問題：一、有些人認為「宣教」是做本地事工，無須對其他國家有任何責任。而巴拿巴宣教學院正挑戰這樣的觀點。二、有人認為「宣教士」僅指那些從美國、英國、澳洲或其他西方國家來的人。但在上帝的計劃中，宣教起初或最重要的心意乃是現今神正在運行中的教會，如：台灣、中國、韓國、新加坡、馬來西亞……等亞洲國家。

回歸到聖經原來對宣教的認識。巴拿巴宣教學院的目標，就是要擁抱上帝在現今這時刻、在這世代所要做的。引述一位美國有名的先知Tim Sheets所說的：「一個領導上的變革將會發生；我們國家將會培育出新領袖；那在隱密處中信靠、服事神的將被提升……這樣的變革將成為一股潮流──是帶著能力、熱情與聖潔。」而巴拿巴宣教學院就是去擁抱這樣屬神的「潮流」。

巴拿巴宣教學院，在巴柝聲牧師的帶領下，創立於2009年，巴牧師自1969年來到台灣，1981年去到內地。他的妻子Christine是出生在非洲(Burundi蒲隆地共和國)的英國宣教士家庭中，婚後與巴牧師一起同工。巴牧師夫婦期待他們的經驗分享，帶動台灣本土對於跨文化宣教的事工。如今巴牧師成為台北靈糧堂的宣教顧問。

巴拿巴宣教學院，歷經三屆教務主任的帶領，第三屆教務主任──黃齊蕙牧師，拓展原先學院僅有日間部的型式，另外開展出夜間部與週末宣教講座。夜間部，透過每週一次的宣教課程與短宣實習，目的是提升在職場的弟兄姊妹，對於宣教有廣角的基礎認識、並激發他們對宣教的熱誠，使弟兄姊妹透過他們的專業，進到一般宣教士難以進入的創啟地區。在第一屆夜間部中，我們看到學生們的生命，在跨文化宣教上受更深的影響；週末宣教講座，目前則與教會裝備中心一同進行規劃。巴拿巴宣教學院日間部全修生，主要透過兩部份的培訓，首先先接受幾個月，在課堂學術性的密集課程；再來接受海外實習工場的「實地訓練」。

今年巴拿巴宣教學院，透過教務長黃齊蕙牧師與周巽正牧師(生命培訓學院院長)，聯合規劃也快速轉型，巴拿巴宣教學院日間部與生命培訓學院整合，將帶來巨大且重要的一項進程。經整合後，透過有系統的系列宣教課程與宣教實習經驗，將帶領更多信徒，對跨文化宣教有更深認識。

在未來，巴拿巴宣教學院日間部也將被重新定義為：給予那些有實戰跨文化宣教經驗，但又需要進階訓練的信徒，來接受裝備的宣教進階學校。巴拿巴宣教學院仍然持定一致目標，堅信在不久的未來，台灣不管年輕的或年長的信徒，能接受宣教裝備，並預備好自己被差派進入到海外跨文化宣教，回應這個新世代。

第一屆夜間部結業典禮